En condiciones naturales la NEP es una enfermedad crónica que cursa con alta morbilidad y baja mortalidad. Las categorías más afectadas son los cerdos en etapa de crecimiento y engorde, pero en algunos casos la sintomatología puede aparecer a las tres o cuatro semanas de edad dependiendo del estado inmune del animal y del manejo del ganado. En sistemas de producción todo dentro/todo fuera los síntomas pueden atrasarse hasta las 12-20 semanas de edad y afecta principalmente a animales de cebo en régimen de producción intensiva.

Los signos clínicos de la NEP son variables según la fase evolutiva de la enfermedad, pero siempre se observan en un grupo de animales y no de forma individual, la intensidad se exacerba por condiciones de estrés y/o por infecciones secundarias, pudiendo llegar estas complicaciones a originar la muerte de los animales afectados.

Los primeros signos clínicos que se observan en infecciones naturales agudos son anorexia, respiración con soplo, hipertermia moderada e inapetencia, aunque en algunos casos la tos es posiblemente el único signo apreciable en las primeras fases de la enfermedad. Su aparición es lenta, comienza a partir de los 6 días postinfección, con un pico a los 27 días y prácticamente desaparece a los dos meses.

En otros casos, la tos aparece en la fase crónica de la enfermedad y se hace entonces persistente. La tos se caracteriza por ser seca e improductiva, puede estar acompañada por estornudos aunque los movimientos respiratorios sean normales y resulta especialmente característica cuando se mueven los animales tras un período de reposo. Estos signos clínicos se pueden observar en el 30 - 70% de los animales.

Según evoluciona en su forma crónica los signos van desapareciendo, primero la hipertemia y en algunos casos la tos, observándose signos de retraso en el crecimiento, pelaje hirsuto y opaco con disminución de los índices de conversión alimenticia, pudiendo éstos ser los únicos indicadores de presencia de NEP.

Otros signos clínicos relacionados con la infección de Mh son poco frecuentes, aunque algunos trabajos hacen referencia, en inoculaciones con cepas de campo a artritis, cojera (Fig. 8 y 9) y lesiones serofibrinosas relacionados con la virulencia de las cepas utilizadas (Fig. 10).