Il sistema immunitario ha la capacità di distinguere il proprio dall'estraneo, reagendo contro tutto ciò che a lui è estraneo (antigeni). Il sistema immunitario ha una straordinaria capacità di reagire contro qualunque molecola estranea alla sua struttura per piccola che sia. Tuttavia, non reagisce contro i propri componenti. Questa caratteristica di differenziare ciò che è proprio da ciò che è estraneo, è una delle basi più importanti dell'immunologia. Nello sviluppo embrionale i linfociti che possono reagire con le molecole proprie dell'animale vengono eliminate mediante un meccanismo di apoptosi (morte cellulare programmata). Nel sistema circolatorio  passeranno solamente i  cloni cellulari capaci de reagire contro antigeni estranei, sempre che siano associati al medesimo SLA , e i cloni tolleranti alle proprie strutture. In questa selezione giocano un ruolo molto importante gli antigeni di istocompatibilità (SLA). A volte possono verificarsi errori nel sistema immunitario, nel distinguere il proprio dall'estraneo. Così, può succedere che il sistema immunitario non risponda a nessuna particella estranea. Questo fenomeno si chiama tolleranza. Al contrario, in alcune circostanze, il sistema immunitario può reagire contro le sue stesse strutture. Queste reazioni si definiscono autoimmunità.

3.- La memoria.  
Quando un antigene, si presenta per la prima volta, il sistema immunitario produce una risposta primaria, lasciando un linfocito memoria per ciascuno degli epitopi dell'antigene. Quando lo stesso tipo di  antigene verrà nuovamente in contatto con il sistema immunitario (risposta secondaria), il linfocito memoria si stimolerà per produrre tanti quanti cloni di linfociti specifici sarano necessari,(contro quel determinato epitopo) in un modo molto più rapido e efficiente che nella risposta primaria.