Una ausencia de síntomas clínicos en los animales no es significativo de que la explotación esté libre del virus.

La severidad de los síntomas clínicos está influenciada no solo por la cepa de virus circulante , sino también por los procedimientos de manejo y el sistema de producción de cada explotación particular.

Muestras
Las muestras para diagnóstico deben ser obtenidas preferiblemente de animales jóvenes, donde el virus se encuentra en mayor cantidad y durante periodos de tiempo más largos.

El Aislamiento vírico se realiza sobre cultivos de macrófagos alveolares porcinos, aunque su sensibilidad no es constante. Para aislados americanos también se utilizan las líneas celulares MA-104 y sus derivadas MARC-145 y CL-2621. En los cultivos infectados se desarrolla un efecto citopático visible entre los 2-7 días de la inoculación, siendo en ocasiones necesario realizar pases adicionales del cultivo. La identificación del virus en los cultivos infectados puede ser confirmada por técnicas de detección antigénica o del ácido nucleico viral (PCR).

Si en la explotación se ha realizado recientemente un programa de vacunación con vacunas vivas, la posibilidad de que los animales vacunados puedan permanecer virémicos durante semanas debe ser considerada. La diferenciación entre el virus vacunal y el virus campo es compleja y no siempre los estudios de caracterización son concluyentes.

Las técnicas más utilizadas en la actualidad son las técnicas de detección del ácido nucleico viral por PCR, y las técnicas de detección antigénica, IPMA (Ensayo de inmunoperoxidasa en monocapa) y en menor medida la Inmunofluorescencia Directa (IFD).

Existen distintos métodos para la detección del virus basados en métodos de detección molecular por PCR. Los más utilizados para diagnóstico son la RT-PCR y nested RT-PCR.

La sensibilidad de los métodos desarrollados es variable y en general todos ellos realizados en laboratorios con experiencia en este tipo de técnicas reúnen condiciones óptimas de sensibilidad y especificidad.

El empleo de técnicas de PCR permite realizar análisis sobre la presencia del virus en distintos tipos de muestras, sangre, tejidos, hisopos y semen, y suero incluso en presencia de anticuerpos maternales.

Se han desarrollado técnicas de RT-PCR universal (que detectan aislados europeos y americanos) y RT-PCR de tipo específico (europeo o americano).

La RT-PCR en un solo paso, permite detección el virus en suero de animales infectados a partir del 2º dia de la infección. Su capacidad de detección es de 3 particulas virales por reacción de PCR.

Está basada en la detección de antígenos virales sobre cultivos de macrófagos alveolares (o subclones de la línea MA-104 en el caso de aislados americanos) infectados con la muestra sospechosa (generalmente macerados de órganos), empleando un anticuerpo monoclonal específico o policlonal marcado con peroxidasa.

La detección de anticuerpos frente al virus de PRRS no se puede considerar como un diagnóstico de la enfermedad si previamente no se han realizado análisis serológicos que hayan resultado negativos pocas semanas antes. En las explotaciones serológicamente positivas es necesario recurrir a la detección del virus circulante o bien demostrar un aumento significativo en la seroconversión en tomas pareadas de sueros.

Las técnicas más utilizadas actualmente son las técnicas inmunoenzimáticas de ELISA y el IPMA, seguido de la Inmunofluorescencia indirecta (IFI) y la seroneutralización.

La técnica IPMA emplea como soporte antigénico cultivos primarios de macrófagos alveolares o la línea celular MA-104 y sus derivadas, infectadas con un virus de referencia. Sobre estos cultivos previamente fijados se añade el suero sospechoso y la inmunoreacción se pone de manifiesto mediante la utilización de proteína A/peroxisasa. Es una técnica muy especifica, aunque de sensibilidad limitada y de cierta complejidad, y su interpretación puede ser en ocasiones problemática. Entre sus ventajas destaca la posibilidad cuantificar el título de anticuerpos específicos presentes en el suero. Mediante esta técnica es posible la detección de anticuerpos a partir del día 6-7 post-infección y hasta un año después.

La Seroneutralización valora en el suero sospechoso la presencia de anticuerpos específicos con capacidad para neutralizar el virus "in vitro". Los sueros deben ser inactivados previamente. Es una técnica muy específica, y permite la detección de anticuerpos neutralizantes a partir de la segunda semana de la infección. Al igual que el IPMA, es una técnica más compleja que el ELISA, que no permite el análisis de un gran número de sueros a la vez. No está indicada para la detección de infecciones agudas.