La missione principale delle immunoglobuline è quella di reagire con gli antigeni per facilitare la loro eliminazione.

Le immunoglobuline reagiscono con l'antigene in due modi: 

1. Unite al linfocita B formando il recettore BcR, permettendogli di reagire con l'antigene in forma nativa, e facendo si che il linfocita B possa reagire come cellula presentatrice efficace.
    

2. Libere nei fluidi, agiscono come anticorpi in diverse funzioni biologiche. 

1.  Unite alla membrana dei linfociti B. Come abbiamo visto nel capitolo 2, la membrana dei linfociti B è formata dal complesso BcR (B Cell Receptor) o recettore di cellule B. Il BcR è formato da diverse catene; alcune variabili, formate da immunoglobuline, nelle quali ogni linfocita B presenta variazioni secondo l'isotipo di immunoglobulina (IgM e IgG, IgA e IgE) o secondo il tipo d'antigene induttore. Le altre due catene sono invariabili (formate da due catene a e b), e comuni a tutti i linfociti B. La missione delle catene variabili, che sono  immunoglobuline, è quella di reagire con l'antigene specifico, mentre le catene invariabili servono per trasmettere il segnale all'interno della cellula per l'inizio della produzione di anticorpi. Questo sistema permette ai linfociti B di agire come efficaci cellule presentatrici di antigeni nella forma nativa.(capitolo 3)

2. Immunoglobuline libere nei fluidi. Abbiamo visto che la specificità di una immunoglobulina dipende dalla regione variabile di entrambe le catene, essendo la reazione con l'antigene specifico una delle loro missioni principali. D'altra parte, le immunoglobuline hanno altre funzioni, che dipendono dalle regioni costanti (funzioni effettrici). In altre parole, può succedere che immunoglobuline con la stessa specificità verso l'antigene, ma di diverso isotipo, realizzino funzioni effettrici diverse. In definitiva, l'antigene può essere attaccato in diversi modi, a seconda dell'isotipo dell'immunoglobulina.

L'attivazione del complemento. Il complemento è un meccanismo non specifico della difesa del sistema immunitario (immunità innata) che interviene in molte reazioni infiammatorie, citotossiche e d'attivazione di macrofagi. Si attiva attraverso diversi meccanismi (via classica, attivazione alternativa), Alcune immunoglobuline possono attivare il complemento attraverso la cosìdetta via classica. L'attivazione del complemento per via classica è realizzata fondamentalmente dall'IgM, seguito dall'IgG mediante i loro frammenti Fc. Questa attivazione del complemento da parte degli anticorpi, uniti alla membrana di una cellula infetta o ad un batterio, scatena una azione citotossica di grande efficacia, capace di distruggere la membrana cellulare. Attraverso la via alternativa (capitolo 7), l'IgG e l'IgA possono attivare il complemento. 

Citotossicità cellulare dipendente da anticorpi (ADCC). I fenomeni citotossici non sono soltanto indotti dai linfociti T CD8+, altre cellule del sistema immunitario come i macrofagi o le cellule NK possono anche distruggere cellule mediante la collaborazione con anticorpi. Questo processo si produce quando un anticorpo, generalmente del tipo IgG ed in minor proporzione IgE, riconosce un antigene sulla membrana di una cellula e reagisce con essa accerchiandola (fenomeno simile alla opsonizzazione), lasciando la frazione Fc libera. Le cellule con capacità citotossica e recettori per Fc, come le cellule NK ed i macrofagi, si uniranno al frammento Fc dell'immunoglobulina ed indurranno la citotossicità nella cellula. In questo caso la citotossicità è indotta dalle cellule, ma la specificità della reazione la determina l'anticorpo. In questo fenomeno intervengono sia il frammento Fab (unione con gli antigeni della membrana) sia il Fc (unione alla cellula effettrice: NK, macrofago) 

Neutralizzazione. E' il fenomeno attraverso il quale alcuni isotipi di immunoglobuline, come IgG, IgM e IgA,  sono capaci di unirsi ad una tossina, batterio o virus e neutralizzare la sua attività (capitolo 5). Nel caso dei virus, il fenomeno di neutralizzazione permette agli anticorpi di evitare che il virus infetti una cellula, coprendo la parte virale necessaria per l'ancoraggio con la cellula. In questo caso  interviene solo il frammento Fab.

Protezione delle mucose. L'IgA ricopre le mucose per proteggerle dall'entrata di agenti infettivi. La sua configurazione, a forma di dimero o di tetramero, le permette di disporre da 4 a 8 siti d'unione all'antigene, rendendola estremamente effettiva contro diversi antigeni batterici mediante reazioni del tipo ADCC, dato che l'IgA non è battericida, e mediante la sua grande capacità di neutralizzare alcuni virus. 

SCHEMA DI ATTUAZIONE DELL'IgA. L'IgA può agire a livello del lume intestinale, evitando l'aderenza al epitelio di virus e/o batteri  (1), all'interno degli enterociti  neutralizzando virus  (2) e per ultimo, nel liquido tissutale  (3).