Se han caracterizado cuatro proteínas estructurales del virus, la proteína C (p14), componente de la nucleocápside, y tres glicoproteínas, la proteína E1 (gp33), la proteína E2 (gp55) y la Erns (gp44/48). La proteína Erns está localizada en la superficie del virión como homodímero, y también es secretada al medio extracelular. Las proteínas E1 y E2 están presentes en la envoltura viral como heterodímero E1-E2, aunque la E2 se encuentra también en forma homodimérica. La proteína E2 es la más inmunogénica del virus y junto con la Erns inducen anticuerpos neutralizantes. Se han descrito al menos 7 proteínas no estructurales. Existe una marcada variabilidad antigénica entre los distintos aislados de VPPC, probablemente asociada a determinadas regiones situadas en la zona N- terminal de la proteína E2, y también sobre E1.

Virus de la PPC

El VPPC se encuentra estrechamente relacionado, tanto antigénica como genéticamente, con otros dos virus integrantes del mismo género pestivirus, el virus de la Diarrea vírica bovina (BVD) y el de la Enfermedad de Border (BD). Estos dos virus son primariamente patógenos para los rumiantes, aunque el VBVD puede también infectar el ganado porcino causando en ocasiones infecciones con cuadro clínico y lesiones similares a la PPC. Se ha comprobado que ciertas cepas de VPPC inducen anticuerpos neutralizantes frente al VBVD, y que cerdos inoculados con VBVD pueden ser inmunizados parcialmente frente a PPC.

Estudios comparativos de secuencias entre distintos aislados de PPC y BVD han demostrado la presencia de zonas de alta homología entre ambos virus, tanto en sus proteínas como en su genoma, siendo esta homología del 66 al 74 % en nucleótidos y hasta de un 85 % en aminoácidos, dependiendo de las cepas estudiadas. Las mayores diferencias antigénicas entre VPPC y otros pestivirus se encuentran sobre la proteína E2, como lo demuestran distintos estudios realizados utilizando anticuerpos monoclonales (AcM) dirigidos frente a diferentes epítopos de esta proteína.